法人税や所得税の調査にきて、契約文書等における印紙税を調査されることがよくあります。
印紙税は契約書や領収書等にはりつけることによって納付するのが原則です。従って、印紙税調査は文書そのものに対する調査に他なりません。
調査において、不納付が発覚した場合、具体的にはどういった処分が下されるのでしょうか？
結論からいいますとこの場合、本来納付すべき印紙税とその２倍に相当する金額との「合計額」が過怠税として課されることになります。（つまり３倍の過怠税が課される。）
調査で申告漏れが把握された場合、所得税や法人税が、本税とは別建てで過少申告加算税等が課されるのに対し、印紙税では、徴収される全ての税額が「過怠税」となるので要注意です。
ただし、勘違い等に気付き、自ら不納付を税務署長に申し出た場合（変な話ですが）には、1.1倍の過怠税で済むことになります。
ですが、決定処分があることを知った上で、申し出たとしても既に手遅れ。この場合の過怠税は３倍となってしまいます。
ところで、この過怠税、法人税法上はいかに扱われるのでしょうか？。
本来印紙税は所得計算上、全額損金に算入できます。しかし、上記の例のように過怠税が課されることとなったら、逆にその全額が損金不算入となりますので、侮れません。（契約文書は金額が大きくなりますので特に注意。）
